La communauté de communes contribue à la gestion des milieux aquatiques (GEMAPI).En ce qui concerne l'eau potable elle est gérée par différents syndicats selon les communes, dont le Syndicat des Eaux du Tonnerrois.
Milieux aquatiques
Syndicat des Eaux du Tonnerrois
Syndicat Mixte du Bassin de l'Armançon