La communauté de communes contribue à la gestion des milieux aquatiques (GEMAPI). En ce qui concerne l'eau potable elle est gérée par différents syndicats selon les communes, dont le Syndicat des Eaux du Tonnerrois.
EPAGE de l'Armançon
L'EPAGE de l'Armançon est une structure de coopération intercommunale œuvrant pour la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations (GEMAPI).
